关于切腹的最早记载，出现在日本的神话传说中，被记录在带有浓厚神秘色彩的地方志里。公元713年，正值元明天皇统治时期，他下令各地方编纂关于郡县起源、地理、物产及传说的志书，以巩固天皇的神圣统治地位。
这些地志中，流传着许多神怪传说。其中《播磨国风土记》记载了贺毛郡川合里的“腹辟沼”故事，成为文献中有关切腹最早的记述。书中提到花浪神之妻淡海之神，因为丈夫离弃，怨恨交加，便用刀割腹自尽，投身沼泽。此后，该沼泽中的鲫鱼竟无内脏，故称“腹辟沼”。
学者们对这段传说有不同解读。一种观点认为，故事暗示当地巫女作为神的媒介，以割腹流血的仪式祈求丰收和神明庇护。另一种观点认为，这是一种由被遗弃的妻子以血液诅咒丈夫的表现，象征着怨恨与绝望。
无论如何，早期文献中的切腹并未与武士荣誉挂钩，反而带有浓重的神话与怪异色彩。
武士切腹行为的最早历史记载则见于《保元物语》。该书主要记述了平安时代末期河内源氏的源为朝的故事。源为朝生于1139年，1170年去世，母亲出身低微，地位不高。源为朝自负勇武，擅长弓箭，性格桀骜不驯，13岁时被父亲逐出家门，流亡九州沦为盗贼。
保元之乱爆发时，源为朝随父亲支持崇德上皇，但战败后被放逐伊豆，依旧劫掠当地。1170年，伊豆守工藤茂光率军500骑20船讨伐源为朝。明知无望，源为朝背靠屋柱，毅然立正切腹而亡。
《保元物语》成书于镰仓时代（1185-1333年），由此可见武士自杀切腹的习惯在那时已存在。之后关于切腹的记载愈加丰富。日本古典文学《太平记》描绘了南北朝时代（1318-1368年）多起切腹事件，其中村上义光的切腹尤为惨烈。
村上义光被围困时，从左至右自割腹部，肠子倾泻于楼板上，口含刀刃，临死前斩钉截铁地对敌人宣泄仇恨，誓言黄泉路上定要复仇。他甚至让敌军尽览自己切腹的壮烈之姿，表示武运尽时亦当如此。
《太平记》还记载楠木正成伤重时，与弟弟一同纵火自焚，随从武士32人亦集体切腹殉死。自此，武士切腹逐渐成为一种荣誉象征，受到日本统治阶级推崇。
在战乱年代，诸多领主率军征战，家族兴衰系于战场胜负。作为将领，他们极力鼓励武士舍命奋战，倡导无畏死亡、重视荣誉的武士精神。社会风气中，生命被视若无物，虚无缥缈的荣誉成了武士最为珍视的宝物。
因此，武士被俘或被斩首视为极大耻辱。许多武士宁愿冲锋陷阵，壮烈牺牲，或优雅地切腹自尽，以保全尊严。统治者借助此风气，积极宣传切腹“荣耀之死”，文学作品中充满了对切腹悲壮华美的描写，进一步强化了切腹在武士心中的地位。
战国时代结束，进入和平的江户时代，统治阶级为加强对武士的控制，逐步将切腹礼仪化、制度化。原本自愿的切腹，演变成官方授予的荣誉死刑，切腹的荣光因此更加被放大。
战国乱世时，很多武士因无暇安排仪式，只能草草了事，但到了江户时期，切腹成为一场庄严隆重的仪式。切腹场所依武士等级而定，500石以上的高禄武士在大名宅邸进行，500石以下者则在牢房内或黄昏后的庭院。
庭院铺设白砂，覆盖两层榻榻米及白布和红毛毡。受刑者身着素雅浅黄色礼服，面对监督官员肃然就坐。正副介错人入场，介错人是专责在切腹者痛苦时刻替其斩首的人，通常为两至三人。
正介错人宣读姓名并行礼后，站于背后。工作人员将包裹好的小刀置于托盘，副介错人协助调整位置，帮助受刑者脱去肩衣。斩首时机视情况而定，有时受刑者刚拿刀即被斩首，有时待刀刺入腹部肠子流出后才行斩首。
副介错人斩下的首级交给监督官员，受刑者的侧脸被展示，切腹仪式告一段落。尸体和首级随后由家属或家臣妥善安葬。
有时，切腹仪式不使用小刀，而是让受刑者面对折叠扇，做出切腹动作，随后被斩首，此法称“扇子腹”。
江户时代切腹仪式繁复而细致，切腹成为武士及军队中重要的死亡方式。除了刑罚外，切腹亦被视为武士效忠国君的崇高行为。
明治维新后，为适应现代法律，1873年（明治六年）正式废除武士切腹刑罚，但切腹作为一种极其血腥的自杀方式并未绝迹。相反，在军国主义思想推动下，切腹在日本军队中愈发盛行。
近代军人普遍认为，无痛速死是懦弱的表现，而切腹要求忍受剧烈痛苦，展示真正的勇气和决心。切腹不仅是一种死亡方式，更是勇士精神的象征。
近代日本军中的切腹有明确的形式和仪式，强调痛苦与庄严。切腹体位分为立腹和坐腹，刀法包括一字、二字、三字、十字等，逐渐演变为一字型和高级的十字型切腹。
一字型为腹部横切，从左至右；十字型则先横切腹部中线，再向上斜切至胸口，最后横切右腹。切腹过程中需有介错人随时准备斩首，切腹者倒下时必须面朝下，否则视为失败。若切腹者因疼痛晕厥，亦视为失败。
切腹最关键的是忍痛且无声，发声代表意志不坚，仪式即告失败。
近代日本军事史中，切腹军人屡见不鲜，他们将这残酷血腥的自杀方式，发展为军国主义精神的重要组成部分。
二战末期，日本军国主义陷入绝境时，切腹自杀现象尤为普遍。1945年8月15日明治天皇颁布投降诏书后，日本军人自杀事件频频发生。
著名如神风特攻队创始人大西多龙治郎中将，于1945年8月15日晚间切腹自杀。8月22日晚，11名高级军官身着军装齐聚皇宫前草坪，呼喊天皇万岁后集体切腹，以死效忠军国主义。
1945年8月26日，14名青年学生于代代木练兵场发表演讲，号召全民宁死不屈，随后集体切腹自尽，显示军国思想对青年的深远影响。
二战失败后自杀的军官中，最高级别包括陆军大臣阿南惟几和前任陆军大臣杉山元元帅。杉山选择枪决自尽，而阿南则切腹，表现不同的死法。
据不完全统计，1945年8月15日前后，自杀的日本军人中，有1名元帅、5名大将、8名中将、22名少将，以及无数普通军官，许多人选择切腹结束生命。
战后，日本仍偶有切腹事件发生。近年来，随着右翼思想抬头，切腹所代表的极端武士道精神逐渐复苏。
许多现代日本影视剧和文学作品中，切腹依然笼罩着荣耀的光环，影视作品将武士切腹事迹拍摄得辉煌壮丽。部分右翼作家甚至主张复兴武士道精神，这一趋势引发国际社会的关注和警惕。
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